Museets samlinger består av dokumentasjons- og gjenstandsmateriale som enten er gitt i gave til museet, eller samlet inn av museets ansatte. Per august 2012 er nærmere 1000 objekter – fordelt på om lag 500 enheter eller museumsnummer – dokumentert, registrert og magasinert. Alt dette materialet er digitalisert.

Jødisk Museum i Oslo oppbevarer også Det Mosaiske Trossamfunds korrespondansearkiv, samt privatarkiver etter en rekke jødiske organisasjoner og privatpersoner. Deler av materialet er ordnet og katalogisert.